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DEXCS2021 for OpenFOAM(R) 不具合・更新情報

表記に関する情報は、このページに集約しておきます。このページに記載されていない不具合情報などあれば、遠慮なくお問い合わせ下さい。



ソフトウェア更新の問題

下に「ソフトウェアの更新」をすると、VitualBoxの問題が解消されると記しましたが、11月3日以降に更新すると、openfoam2106まで更新されてしまいます。何故か、この更新版にはcfMeshが含まれておりませんで、DEXCSでのメッシュ作成ができなくなってしまいます。したがって、更新の際には、これを除外するよう強く推奨します。

万一更新してしまった場合には、別途cfMeshをインストールする方法も考えられますが、旧版も入手できるので、

更新版をアンストール、

$ sudo dpkg -r –force-all openfoam2106

してから、旧版を

https://dl.openfoam.com/repos/deb/dists/focal/main/pool/2106_0/binary-amd64/

より（全部で7つのファイル）をダウンロードして、ダウンロードしたファイルを収納したフォルダにて、以下インストール

$ sudo dpkg -i openfoam*

すれば、元に戻せるはずです。

なお、更新版でcfMeshが使えなくなったのは、単に開発元の手違いだと思うので、当面更新版を使うことはしないで、しばらく様子見することにします。

FreeCADの更新の問題

FreeCADを更新してプロットツールが使えなくなる場合がありますが、これは対応可能で、「ツール」⇒「アドオン・マネージャ」にて、「plot」をインストールすればOKです。

インストール方法の問題

VirtualBoxで、正常にログアウトが出来ないという問題がありましたが、これはsetupDEXCS.shを実行する前に、「ソフトウェアの更新」を実施しておけば解消されるようです。また、「システムのエラーが見つかりました・・・」というエラーメッセージ（実害は無かった）も出る確率がぐっと下がるようです。

ちなみにこの情報は、読者さんから頂きました。感謝ですm(_ _)m

インストール方法の更新版もアップしておきました。

isoイメージの名前について

ダウンロードしたisoイメージのファイル名がDEXCS2021-OFv2006-64.isoとなっていますが、DEXCS2021-OFv2106-64.iso とすべきでした。

python3-vtk エラー

TreeFoamのGridEditorから、「patchViewerを表示」メニューボタンを押すと、以下のエラーメッセージが出ます。

動作確認が不十分であった為の単純ミスです。以下のコマンド入力でインストール出来ます（注記１）。

$ sudo apt install python3-vtk

DEXCSツールボタンの不具合

DEXCSツールバー中の「TreeFoam起動」ボタンと「並列処理」ボタンにおいて、起動画面は正常に立ち上がるが一部の動作が正しく機能しない。これは、FreeCADをAppImage版にて使用した際に（AppImage版との使い分けについてはインストール方法メモのp23,24 を参照）、以下のようなダイヤログで警告が表示されるのだが、AppImage版でない場合にこの警告が出ないのに、当該の不具合が生じてしまうというもの。

これは、Appimage版とそうでない場合に処理を分岐させるべく、FreeCADの環境変数を取得して判別できるところまで判ったので、この時点で警告メッセージを表示させるところまではプログラムが出来ていたのだが、その続きを完成させるのを失念していたというボケであった。

遅ればせながら、修正版をDEXCSランチャーのGitLabサイトにて更新しておいた。.FreeCADのフォルダ毎変更しても良いが、その際には、user.cfgを書き換えるセットアップ作業が必要になり、そのドキュメントが未完なので、runTreeFoam.py と、runParallel.py 　だけを変更してもらっても良い。

【注記1】python3-vtkのインストールについて

先に、以下の方法でインストール出来ると記しましたが、この方法だと、vtkのバージョンが合わないのか、表示がおかしかったり、Paraviewの立ち上げで、「メッシュ作成タスク画面」や、「ソルバー実行タスク画面」の「Paraview」ボタンが使えなくなってしまいます。

$ sudo apt install python3-pip
$ pip install vtk

これを実行してしまった場合には、

$ pip uninstall vtk

にてアンインストールして、正しいインストールをやり直して下さい。

DEXCS2021 for OpenFOAM(R) リリースノート

ダウンロードはこちら（2021/10/〜）



DEXCS for OpenFOAM(R) は、OpenFOAMと、これをより簡単・高度に活用できるようにする為の様々なツールをすべてインストール済のオール・イン・ワンパッケージで、誰でも（と言ってもCAEに無縁の人は対象外ですが・・・）簡単・即使えるようにしたマシンイメージ（isoファイル）です。

詳しくはこちら

DEXCSランチャーのヘルプメニューからも参照できます

DEXCS2021では、

  • ベースOSはubuntu-20.04.2 (LTS)
  • OpenFOAMやその他の組み込みツールのヴァージョンアップに対応
    • OpenFOAM-ｖ2106（パッケージインストール版）
    • ParaView-5.9.1（バイナリー版）

（cfMeshはOpenFOAM-v1712以降、modules としてOpenFOAM本体に組み込まれています）

  • ここまでは通常の毎年更新作業ですが、DEXCS2021からはDEXCSランチャーのうちcfMesh作成用マクロとソルバー実行部分は従来通り使うこともできますが、新たにDEXCSワークベンチで実行できるようになり、これを使えば以下のメリットがあります。
    • cfMesh設定の詳細オプション設定もGUIで出来るようになる
    • cfMeshの設定パラメタがFreeCADのモデルファイル情報として保存される
    • ポスト処理の手順が簡単になる
  • DEXCSツールバーも一部変更しています（下図）
    • plotWatcherの起動 はFreeCADの Plotワークベンチを使用する方法に変更しました、自動更新はされませんが、DEXCSワークベンチからソルバー実行すれば、初期残渣グラフが表示され、自動更新されます。
    • postProcessingフォルダ中のファイルの可視化が、これまでのJGPに替えてPlotワークベンチを使用するマクロに変更した事で格段に使い勝手も見栄えも良くなっています。
    • OpenFOAM専用端末の起動ボタンも追加しました。
  • pyFoam は、OpenFOAM-ｖ2106への対応はアナウンスされておりません。TreeFoamで使っている機能（pyFoamPlotWatcher.pyやFoamCleaCase.pyなど）についてのみ動作確認しており、その他の機能については動作未確認です。

インストールと利用法

詳しくはこちら（日本語と英語の切り替え方法も含む）

マシンイメージなので、DVDにイメージ書き込みすれば、DVDから起動してそのまま利用することができます。 （DEXCS初体験の人はこのライブDVDとして「まずは使ってみる」方法をお薦めします。）

  • 継続利用では起動後にインストール機能により、HDD等に直接インストールできる上、使用するユーザー名等を選択することができます。
  • VMWare Playerや、VirtualBox等の仮想環境で起動して、仮想環境を作成することも簡単です。
  • VirtualBoxにインストールする方法は、書籍「OpenFOAMによる熱移動と流れの数値解析（第2版）」の付録A、または「オープンCAEのためのDEXCS for OpenFOAM ハンドブック」の付録AにDEXCS2020について詳しく記されており、基本は同じですが、setupDEXCS.sh を実行後の再ログイン画面が表示されない場合があります。その場合の対処法についてインストール方法のp.5,7,18,20-22あたりを参考にして下さい。結論的には、「ログアウト」メニューは使えないので、「再起動」メニューを使って下さい、ということです。
  • 共有ファイルの設定方法（インストール方法の39〜42ページ）もDEXCS2020以前と比べてかなり変更されています。
  • 国際化対応のレベルはDEXCS2015に同じ（英語版のみに対応）ですが、日本語⇆英語のベース環境切り替え方法が、DEXCS2015に比べやや煩雑になっています。（インストール方法の8〜13ページ）
  • 一部動作に不具合が確認されています（インストール方法の19ページ）。解決方法が見出だせませんでした。お判りの方、またこれ以外の不具合に気づかれた方はご連絡下さい。
  • FreeCADはDaily最新版（2021/10/9入手）が同梱されていますが、Windows版やMac版と互換性のあるAppImage版も同梱されています。切り替える方法についてはインストール方法メモの23ページに、Daily版とAppImage版の機能比較については、24ページに記してあります。
  • FreeCADはDaily最新版は、頻繁に更新されており、ソフトウェア更新は可能ですが、稀に一部の機能不全が生じる可能性もある事を納得した上で実施して下さい。

同梱プログラム

その他のドキュメントについて

  • DEXCSランチャーのヘルプメニュー（上図）を参照下さい。
  • SLURMというリソースマネージャは今回もインストールしてありませんが、下記記事の方法によって追加インストールは可能（のはず）です。
  • JAVA gnuplot GUI　の使用方法
    • http://dexcs.net/ocse2/?p=747
    • 上記記事で作成したプロジェクトファイルをケースファイルの在所を変えたり、別ケースで転用利用する際に、プロジェクトファイル中に記されているデータ在所（絶対パス名）を適合するツールを同梱しました。
  • 上記適合ツールは、DEXCSランチャーの左図ボタンにて起動します。⇒　解説ページ
  • または、TreeFoam /十徳ナイフ /「汎用gnuplot-GUI(jgp)起動」メニューでも起動できます。
  • 但し、十徳ナイフ版では、実行時のダイヤログメッセージが日本語ではありません。
  • 更新された上記ツールの使用方法は、はじめてのDEXCS2021、P.30-33を参照下さい。近日中に別途作成予定。
  • TreeFoamの基本的な使い方はTreeFoamのヘルプメニューから、「使い方」を参照して下さい。
    TreeFoamに関する情報は、DEXCS公式HPの AboutTreeFoamの記事にまとめてあります。
    DEXCS2021に搭載のTreeFOAMは、+dexcsSwakとして、上記公式ページに掲載ヴァージョンに対して独自のカスタマイズが加えてあります。

CHTマルチリージョン計算用のDEXCS方式テンプレートケースファイル



詳細説明とケースファイル一式は、こちらで公開中。

公開事由

DEXCSのチュートリアルケース（cfMeshLesson/heatSink）では、chtMultiRegion(Simple)Foamで使う事を想定したメッシュ作成用のFreeCADモデルを収録し、メッシュ作成法については「DEXCSにおける推奨メッシュ生成法」（/opt/DEXCS/launcherOpen/doc/howtoCADandMeshing.pdf）の中で説明しているが、これで作成したメッシュをどうやって、chtMultiRegion(Simple)Foamで使うのかについての説明は無い。

わかる人にはわかるはずだが、そうでない人向けに、DEXCS的なやり方（ほとんどGUIだけで操作出来る方法）を公開する事とした。

補足説明

chtMultiRegion(Simple)Foamでの計算において、本来はマルチリージョンメッシュを使うので、マルチリージョンメッシュを作成できないcfMeshでどうやって？？というのが普通の感覚であろう。

しかし、「本来は…」と記したが、OpenFOAMの標準チュートリアルではマルチリージョンメッシュを使ってケース作成しているというだけで、実際に動くケースは領域毎に区分されたメッシュを使っている。つまり、マルチリージョンメッシュが最初に有りきでなく、最初から領域毎に区分されたメッシュを使う方法も有りという事である。

なお、冒頭に掲げた図は、最終的に実施したい本番計算イメージを説明したものだが、セットアップの説明資料では、説明を簡単にする為、以下のイメージで説明している点、念の為お断りしておく。

DEXCS2020-for OpenFOAM(R) 不具合・更新情報

表記に関する情報は、このページに集約しておきます。このページに記載されていない不具合情報などあれば、遠慮なくお問い合わせ下さい。



kdiff3の不具合解消

拙著D本のp.17にも記してありますが、kdiff3は動作不具合のある点を認識しながらの見切り発車でしたが、ようやく不具合解消方法が見つかりました。

情報元はこちらですが、インストールがすんなりといかなかったので、ここに改めて記しておきます。

不具合は２つあって、マージの問題と、ファイル単位での比較が出来ないという点ですが、前者については使っていないのでどういうことかわかりませんが、後者はかなり致命的で、何とかならないかと思っていました。いずれにせよkdiff3のバージョンの問題のようで、普通にパッケージインストール出来る1.8.1に代えて1.8.3をソースからビルドせよというものです。ちなみに、もっと新しいバージョンもありますが、それはそれでうまくいかないようです。肝心のビルド・インストール方法は以下の通りです。

$ sudo apt remove kdiff3
$ sudo apt install extra-cmake-modules libkf5i18n-dev libkf5coreaddons-dev libkf5iconthemes-dev libkf5parts-dev libkf5doctools-dev libkf5crash-dev libkf5crash-dev
$ git clone https://github.com/KDE/kdiff3
$ cd kdiff3/
$ git checkout 1.8.3
$ mkdir build && cd build
$ cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr
$ make
$ sudo make install

HELYX-OSが使えない

画面は立ち上がるが、STLモデルが表示されない、実行エラーが多発するなど使い物になりません。

これも自分では滅多に使わないので、起動画面が立ち上がる事だけを確認してそれ以上の動作確認不足でした。

実はインストール方法の手抜きでした。DEXCS2019で使っていたファイルをそのまま流用していた為で、DEXCS2020用にはちゃんとインストールする必要がありました。

インストールは簡単です。ダウンロードサイトから入手したファイル(HELYX-OS-2.4.0-linux-x86_64.bin)のある場所で、通常端末で以下のコマンド入力でインストールが始まる。

$ chmod +x HELYX-OS-2.4.0-linux-x86_64.bin
$ sudo rm -rf /opt/Engys/
$ sudo ./HELYX-OS-2.4.0-linux-x86_64.bin

インストールが始まったら、以下の赤字部分を入力する。

Waiting for HELYX-OS installer to start…

This program will install HELYX-OS on your system. Do you want to continue?
1) Yes
2) No
#? 1

GNU GENERAL PUBLIC LICENSE

…………………………
ライセンス情報が表示されるので、
Enterキーでページ送りしていく。
…………………………

Do you accept the terms of agreement?
1) Agree
2) Exit
#? 1

Select destination folder for HELYX-OS GUI: /opt/
Installing in: /opt
Installing HELYX-OS GUI …………….done.

Installation completed!

以上で、インストールは完了。Dockランチャーの[helyxOS]で起動できるようになるはずである。

起動できたら、[Edit]⇒[Preference]メニューにて、Core Folder ParaView Executable のPathを設定して完了である（下図参照）。

なお、インストールする際に、

Select components to install

1) HELYX-OS-GUI

2) HELYX-OS-GUI and Kernel

#?

インストールの説明が記載されている公式サイト（http://engys.github.io/HELYX-OS/installation/）の説明から、2　で宜しいでしょうか？

という質問も頂いたが、正直良くわからない。

ここでいうKernelというのは、OpenFOAM本体の事のようです。自分はHELYX-OSをsnappyHexMeshのメッシュツールとしてしか使っていないので、その限りにおいては、DEXCSに既存のOpenFOAMを使えば良いので、1）を選択すれば良いです。
HELYX-OSのメッシュ機能だけでなく、OpenFOAMのソルバー機能まで使いたい時に、既存のOpenFOAMで対応できるかどうかわからない場合に、2）を選択せよ、ということだと思います。が、DEXCS2020でこれをやろうとすると、OpenFOAMのFoundation版を取りに行くのですが、このOSに対応するものが無いといって何も追加インストールされませんね。
ちなみに、SimpleFOAMくらいでしたら、既存のOpenFOAM-ｖ2006で動くことは確認していますが、その他のソルバーについては未確認です。

ParaViewでFindDataが使えない

FindDataのメニューは起動できるが、実行すると以下のエラーが出る。

RuntimeError: ‘numpy’ module is not found. numpy is needed for this functionality to work. Please install numpy and try again.

対応は以下の通り。

$ sudo apt install python-numpy

DEXCSランチャーツールバーの表示問題

以下のコメントを頂きました。

FreeCADのDEXCS ツールバーの挙動が不安定です。
FreeCADを起動した直後は左端にあります。起動した直後には、「オブジェクトの表面積・・・表示します」の下側に「ダウングレード」のアイコンが表示されません。Partワークベンチに切り替えても表示されません。Archワークベンチに切り替えると「ダウングレード」アイコンが表示されて、そののちPartワークベンチに切り替えても「ダウングレード」アイコンが表示されています。
さらにそののちDraftワークベンチに切り替えるとDEXCSツールバーが左端から上端(つまりメニューバーの下)に移ります。そののちPartワークベンチに切り替えてもメニューバーの下に配置されたままです。

マウスでドラッグして左端に戻せばよいのですけども・・・
たぶん、設計思想としてはDEXCSツールバーの定位置が左端だと思います。

基本的に作者も認識していた問題ですが、大きく２つの問題です。

  • 「ダウングレード」アイコンの表示問題
  • DEXCSツールバーの表示位置の問題

このうち、前者の問題については、そもそもFreeCADの基本の中、最終項目（7.DEXCSカスタマイズメニュー）で以下のように記載しています。

  • 選択したオブジェクトをより単純な形状に分解、または面を減算します

Draft modification toolsツールバーに収録されているものと全く同じだが、Draftワークベンチでしか使えないので、他のワークベンチでも使えるようにした。

なお、起動直後のStartワークベンチなどにおいては、このアイコンが出てこない場合がある。その場合には、一旦、Draftワークベンチに切り替えてもらいたい。そうすれば出てくるし、以降は他のワークベンチでも出てくるはずである。

なので、そういうものだと思って使って下さい・・・としようかとも思っていたのですが、DEXCSツールバーが動いてしまうというのは、前ヴァージョンでは無かったような気もする。FreeCADを立ち上げる都度動かすのは面倒なので、この際、もうちょっと対策を考えて見ました。

一度、「Draftワークベンチ」でDEXCSツールバーを左端に戻した状態にて、「編集」⇒「設定」メニューの「標準」において、「起動後に自動ロードされるモジュール」をデフォルトは「Start」になっていましたが、これを「Draft」に変更して下さい。

こうすれば、次回の立ち上げからは、「Draftワークベンチ」でDEXCSツールバーが左端の状態で立ち上がり、ワークベンチを変更しても、「ダウングレード」アイコンは表示されたまま残るはずです。

DEXCSランチャーの「Propertiesの編集」と「Dict（system）の編集」ボタンが機能しない

iso化する際の見落としです。端末を開いて、以下のように入力し、TreeFoamのpythonスクリプトに実行権限を付与すれば、機能するようになるはずです。

$ sudo chmod +x /opt/TreeFoam/python/*

（解説）DEXCSランチャーでは、TreeFoamのサブセット機能を利用しています。TreeFoam本体からは、import文で組み込まれるので、実行権限は無くとも機能しますが、DEXCSランチャーから起動する際には実行権限が必要という事です。

DEXCS2020 for OpenFOAM(R) リリースノート

解析シーン毎にTreeFoamのサブセット機能（グリッドエディダ等）を、FreeCADのツールボタンで起動できるようマクロ化してあります。

ダウンロードはこちら（2020/10/〜）



DEXCS for OpenFOAM(R) は、OpenFOAMと、これをより簡単・高度に活用できるようにする為の様々なツールをすべてインストール済のオール・イン・ワンパッケージで、誰でも（と言ってもCAEに無縁の人は対象外ですが・・・）簡単・即使えるようにしたマシンイメージ（isoファイル）です。

詳しくはこちら

DEXCSランチャーのヘルプメニューからも参照できます

DEXCS2020では、

  • ベースOSはubuntu-20.04.01 (LTS)
    • DEXCS2019まではubuntu-18.04系でしたが、メジャーヴァージョンアップです。
  • OpenFOAMやその他の組み込みツールのヴァージョンアップに対応
    • OpenFOAM-ｖ2006
    • cfMesh v1.1.2 。

（cfMeshはOpenFOAM-v1712以降、modules としてOpenFOAM本体に組み込まれています）

  • ここまでは通常の毎年更新作業ですが、DEXCS2019からはDEXCSランチャーを仮想風洞試験という題材はそのままで、GUI操作方法を全く作り変えました
  • DEXCS2020では、これに少し機能追加したのと、ポータビリティを改良。つまり、これらはFreeCADのマクロなんですが、これまでDEXCS上でしか動作しなかったのを、DEXCSでない環境でも動かせる事を考慮したコードに書き換えています。まだ十分な動作確認まで至ってはおりませんが・・・
  • もう1点。TreeFoamがVer-3になって、python3で動くようになり、これにも対応した。
  • pyFoam は、OpenFOAM-ｖ2006への対応はアナウンスされておりません。DEXCSランチャーやTreeFoamで使っている機能（pyFoamPlotWatcher.pyやFoamCleaCase.pyなど）についてのみ動作確認しており、その他の機能については動作未確認です。

インストールと利用法

詳しくはこちら（日本語と英語の切り替え方法も含む）

マシンイメージなので、DVDにイメージ書き込みすれば、DVDから起動してそのまま利用することができます。 （DEXCS初体験の人はこのライブDVDとして「まずは使ってみる」方法をお薦めします。）

  • 継続利用では起動後にインストール機能により、HDD等に直接インストールできる上、使用するユーザー名等を選択することができます。
  • VMWare Playerや、VirtualBox等の仮想環境で起動して、仮想環境を作成することも簡単です。
  • VirtualBoxにインストールする方法は、書籍「OpenFOAMによる熱移動と流れの数値解析」の付録AにDEXCS2015について詳しく記されていますが、基本は同じです。また、DEXCS2011までは、”Guest Additions”が入っておりませんでしたが、DEXCS2016では導入済みなので、共有ファイルの設定など（インストール方法メモの34〜36ページ）も同様に実施可能です。
  • 国際化対応のレベルはDEXCS2015に同じ（英語版のみに対応）ですが、日本語⇆英語のベース環境切り替え方法が、DEXCS2015に比べやや煩雑になっています。（インストール方法メモの8〜13ページ）
  • 一部動作に不具合が確認されています（インストール方法メモの19ページ）。解決方法が見出だせませんでした。お判りの方、またこれ以外の不具合に気づかれた方はご連絡下さい。

同梱プログラム

その他のドキュメントについて

  • DEXCSランチャーのヘルプメニュー（上図）を参照下さい。
  • SLURMというリソースマネージャは今回もインストールしてありませんが、下記記事の方法によって追加インストールは可能（のはず）です。
  • JAVA gnuplot GUI　の使用方法
    • http://dexcs.net/ocse2/?p=747
    • 上記記事で作成したプロジェクトファイルをケースファイルの在所を変えたり、別ケースで転用利用する際に、プロジェクトファイル中に記されているデータ在所（絶対パス名）を適合するツールを同梱しました。
  • 上記適合ツールは、DEXCSランチャーの左図ボタンにて起動します。⇒　解説ページ
  • または、TreeFoam /十徳ナイフ /「汎用gnuplot-GUI(jgp)起動」メニューでも起動できます。
  • 但し、十徳ナイフ版では、実行時のダイヤログメッセージが日本語ではありません。

  • TreeFoamの基本的な使い方はTreeFoamのヘルプメニューから、「使い方」を参照して下さい。
    TreeFoamに関する情報は、DEXCS公式HPの AboutTreeFoamの記事にまとめてあります。
    DEXCS2020に搭載のTreeFOAMは、+dexcsSwakとして、上記公式ページに掲載ヴァージョンに対して独自のカスタマイズが加えてあります。

苦労譚

  • ParaViewビルド
  • FreeCAD　AppImage版
  • FreeCADビルド版
  • リマスター容量の問題
  • /bin/sh の問題
  • VirtualBox Guest Additions

などなどありますが、近日中に書籍として上梓予定。DEXCS2019をベースとして書きかけ中のhtml版は特設ページにて公開中。書籍版は本DEXCS2020をベースに内容を更新作業中です。