remote Server Access by DEXCS2017 for OpenFOAM(R)

DEXCS2017 for OpenFOAM(R) では、これまでのFOCUSだけでなく名大スパコン、その他のリモートサーバーへのアクセスが可能になりました。

但し、サーバー名やログイン情報などはユーザーさん自身でカスタマイズしてもらう必要があるので、以下にその方法を記しておきます(備忘録)。

準備は少々面倒ですが、これでリモートサーバーでの計算がかなり楽ちんになること請け合いです。

  1. 準備するもの(秘密鍵など)
  2. 準備その1(手動でアクセス確認)
  3. 準備その2(パスワード登録して自動アクセス)
  4. 準備その3(TreeFoam)
  5. 準備その4(サーバー側設定)
  6. 使ってみよう!
  7. 不具合情報


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DEXCS2017 for OpenFOAM(R) 不具合、更新情報

不具合情報

 



公開して間もないのですが、早くも不具合情報がいくつか寄せられており、本ページにて対処方法など取り纏めておきます。ここに見当たらない不具合情報があったら、遠慮なくお問い合わせ下さい。本記事に対するコメントで頂けると、記事を書く手間も省けるので、ご協力のほどお願いします。

最終更新は、2017/10/22

 

 


FreeCADマクロ⇒STLファイル出力不能

FreeCADのFEMモジュール起動出来ない

対処法

構築した(仮想)マシンがインターネット接続環境にある場合

Synapticパッケージマネージャ

又は、

sudo apt-get install netgen

にて、netgenをインストールして下さい

構築した(仮想)マシンでインターネット接続出来ない場合

DEXCSダウンロードサイトより最新版(MD5:b5f7b90a410b6e018929fffc1d66c30e)を入手して下さい。

(参考)旧版(MD5:a8d51b7b845908790bc3af82c94dd7a9)

MD5ハッシュ値を求める方法

Linuxの場合

md5sum DEXCS2017OFv1706.iso

Windowsの場合

certutil -hashfile DEXCS2017OFv1706.iso -md5

 




構築したマシンにssh接続できない

以下、構築したマシンのipアドレスが172.16.144.147、ユーザー名dexcsでアクセスする例

クライアントのマシンから、

$ ssh -l dexcs 172.16.144.147
Connection reset by 172.16.144.147 port 22

となってしまい、接続できない。こういう場合、-vv オプションを付けると、デバッグモードになるらしい。

$ ssh -l dexcs 172.16.144.147 -vv
OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2, OpenSSL 1.0.2g 1 Mar 2016
debug1: Reading configuration data /home/et/.ssh/config
debug1: Reading configuration data /etc/ssh/ssh_config
debug1: /etc/ssh/ssh_config line 19: Applying options for *
debug2: resolving “172.16.144.147” port 22
debug2: ssh_connect_direct: needpriv 0
debug1: Connecting to 172.16.144.147 [172.16.144.147] port 22.
debug1: Connection established.
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_rsa type 1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_rsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_dsa type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_dsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ecdsa type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ecdsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ed25519 type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ed25519-cert type -1
debug1: Enabling compatibility mode for protocol 2.0
debug1: Local version string SSH-2.0-OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2
debug1: Remote protocol version 2.0, remote software version OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2
debug1: match: OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2 pat OpenSSH* compat 0x04000000
debug2: fd 3 setting O_NONBLOCK
debug1: Authenticating to 172.16.144.147:22 as ‘dexcs’
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT sent
Connection reset by 172.16.144.147 port 22

通常は。

debug1: SSH2_MSG_KEXINIT sent

の後に

debug1: SSH2_MSG_KEXINIT received

となるはずだが、これが帰って来ないということのようだ。これでググルと、

https://stackoverflow.com/questions/2419412/ssh-connection-stop-at-debug1-ssh2-msg-kexinit-sent

の記事にたどりつく。

構築したマシンにて、

dpkg-reconfigure openssh-server

をやりなさい、ということのようです。

$ sudo dpkg-reconfigure openssh-server
Creating SSH2 RSA key; this may take some time …
2048 SHA256:9ngrCIuicrYqhLnNqB2CIErWGpIcVGte9COHfjGi/94 root@dexcs2017Test-virtual-machine (RSA)
Creating SSH2 DSA key; this may take some time …
1024 SHA256:+bA0gbMH+52mBRoeBjiC+iK2iTZZzX2jR3dU1peJ9zc root@dexcs2017Test-virtual-machine (DSA)
Creating SSH2 ECDSA key; this may take some time …
256 SHA256:j70HhP/khIf7tb++fA62y82BZcKuFwteBG9JXBFva/U root@dexcs2017Test-virtual-machine (ECDSA)
Creating SSH2 ED25519 key; this may take some time …
256 SHA256:tHMi8LUQ9skVE+dQm58YS5c5a3jUBq0nTH75u2lVtsg root@dexcs2017Test-virtual-machine (ED25519)

これで、再度クライアントから、

$ ssh -l dexcs 172.16.144.147
The authenticity of host ‘172.16.144.147 (172.16.144.147)’ can’t be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:j70HhP/khIf7tb++fA62y82BZcKuFwteBG9JXBFva/U.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added ‘172.16.144.147’ (ECDSA) to the list of known hosts.
Received disconnect from 172.16.144.147 port 22:2: Too many authentication failures
Connection to 172.16.144.147 closed by remote host.
Connection to 172.16.144.147 closed.

ということで、少し前進。このメッセージはお馴染みのもので、てっとり早くやるには、.ssh/configna中に以下のように記述してやれば良い。

Host vmTemp
HostName 172.16.144.147
User dexcs
  IdentitiesOnly yes

これにて、

$ ssh -l dexcs vmTemp
dexcs@172.16.144.147’s password:
Welcome to Linux Mint 18 Sarah (GNU/Linux 4.4.0-21-generic x86_64)

* Documentation: https://www.linuxmint.com

となって、めでたしめでたし・・・

 


DEXCSランチャー:Select Platformで「No」ボタンを押してもTreeFoamが起動しない

DEXCSランチャーにて解析フォルダを新規作成または既存フォルダを選択した後に現れる下図のダイヤログ画面で、

「No」ボタンを押してもダイヤログ画面が消えるだけで何の変化もない(TreeFoam」が起動しない場合には、DEXCSランチャーが起動した時に同時に開いた「端末」画面において、以下のエラーメッセージ有無を確認下さい(朱字部分は使用しているユーザー名)。

Traceback (most recent call last):
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 670, in eventMenu102
self.selectPlatform()
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 497, in selectPlatform
self.configTreeFoam(self.workDir)
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 1587, in configTreeFoam
f = open(configTreeFoamFile)
IOError: [Errno 2] No such file or directory: ‘/home/custom/.TreeFoamUser/configTreeFoam’

.TreeFoamUser/configTreeFoamが存在しないという事で、これはTreeFoamが一度も起動された事がない場合にそうなります。この場合は、一度TreeFoamを起動して、そのまま終了させて下さい。

⇒再度、先に指定したフォルダを解析フォルダに設定し直してSelectPlatform⇒「No]を選択すれば、DEXCSランチャー画面は消えて、選択したフォルダを解析フォルダとして設定した状態のTreeFoamが起動します。


OSアップデートについて

リリースノートに記してありますが、

OSアップデートはしておりません。後述のWinkチュートリアルがFireFoxでの表示に不具合が生じる為。

FireFoxを除いてアップデートすると問題なく動くことは確認出来ています。

但しアップデートの途中で、 ’/etc/compizconfig/config’ と ’/etc/gnome/defaults.list’ について置換するかどうかのダイヤログが出てきますが、ここはいずれも「保持」としています。置換するとどうなるかは未確認。


FOCUSへの自動ログインに時間がかかりすぎる

リモートサーバをマウントする方法について記したやり方で、自動ログインは出来るけど応答に時間がかかりすぎる。長い短いは主観の問題もあるが具体的には1分以上かかってしまう場合があり、これではちょっと使えない。どうも環境依存があるようで、これまでに判った事を記しておきます。

FOCUSでは、ログインサーバーを経由してフロントエンドサーバーにログインする必要があり、その際下記のような多段アクセスする方法を用いているんだが、これを使うと応答が長くなる場合があるということ。

ProxyCommand ssh FocusLogin -W %h:%p

名大スパコンや秘密鍵を使わない通常のパスワード認証では問題ないはず。

今のところ、不具合の起きる環境は、

Window10マシン上のVmplayer上で動作する仮想マシン

VirttualBoxでは問題なし。Linux上のVmplayerでも問題なしです。Windows8以前は未確認。

 

DEXCS2017 for OpenFOAM(R) リリースノート

ダウンロードはこちら(2017/10/6よりOK)

不具合・更新情報



DEXCS for OpenFOAM(R) は、OpenFOAMと、これをより簡単・高度に活用できるようにする為の様々なツールをすべてインストール済のオール・イン・ワンパッケージで、誰でも(と言ってもCAEに無縁の人は対象外ですが・・・)簡単・即使えるようにしたマシンイメージ(isoファイル)です。

 

詳しくはこちら

DEXCSランチャーのヘルプメニューからも参照できます

DEXCS2017では、

  • ベースOSはLinux Mint 18 Xfce (LTS)
    • Mint 18 も Cinnamon⇒MATE⇒Xfce と試行の結果、これ(Xfce)が最も相性良さそうでした。
    • OSアップデートはしておりません。後述のWinkチュートリアルがFireFoxでの表示に不具合が生じる為。

OSアップデートを普通に実施すると、Winkチュートリアルを参照できなくなります。多分、FireFoxのアップデートを除外すれば大丈夫だとは思いますが確認していません。なお、Winkチュートリアルを参照できなくなった場合にも、Web版では参照可能です。

セキュリティの観点から、OSアップデートはした方が良いと思いますが、上記を読んで自己責任で実施して下さい。

  • OpenFOAMやその他の組み込みツールのヴァージョンアップに対応
    • OpenFOAM-v1706
    • cfMesh v1.1.2

(但し、cfMeshはOpenFOAM-4.x上で動作します。リリース時点で、cfMeshをOpenFOAM-v1706上でコンパイル出来なかった為)

    • pyFoam は、OpenFOAM-v1706への対応はアナウンスされておりません。DEXCSランチャーやTreeFoamで使っている機能(pyFoamPlotWatcher.pyやFoamCleaCase.pyなど)についてのみ動作確認しており、その他の機能については動作未確認です。
  • DEXCS2011から搭載するようになった中級者向けツール(TreeFoam)の機能強化を図りました。
    • FOCUSスパコン以外のサーバーでの作業もチャチャッと出来るようになりました。但し、個別のユーザー毎のカスタマイズは必要で、設定方法はこちら左記リンクは旧ヴァージョン用で本ヴァージョン用は工事中)を参照下さい。
  • FreeCADマクロ(cfMesh用簡単設定ツール)を、より使い易くしました。2016年6月のオープンCAE学会総会付帯講習会にてお披露目したものです。
  • DEXCS2016より収録を再開したHELYX-OSですが、snappyHexMeshメッシュ作成、ソルバーではsimpleFoamが動作することは確認できています。
  • swak4Foam とDAKOTA(最適化ツール)の搭載は見送りました。
    • swak4FoamはOpenFOAM-v1706上でコンパイル出来なかったことが主原因ですが、よく使っていた機能の多くがOpenFOAM本体にて実現できるようになってきたという理由もあります。
    • DAKOTAは、先の記事に示した通り同梱も可能でしたが、GUIの使い方に十分な知識が必要になるので、不特定多数への配布は困難と考えました。DAKOTA有識者は、先の記事を参考に自身でインストールして使ってみて下さい。
  • なお、DEXCS2012までは、32/64bit版がありましたが、DEXCS2013からは、64bit版のみです。
  • DEXCSランチャー等を含むDEXCSフォルダを、従来デスクトップ上に配置していたものを、本ヴァージョンより、/opt/下に変更しました(パッケージ化を狙ってますが、まだ出来ていません)。

 

インストールと利用法

詳しくはこちら(日本語と英語の切り替え方法も含む)


マシンイメージなので、DVDにイメージ書き込みすれば、DVDから起動してそのまま利用することができます。 (DEXCS初体験の人はこのライブDVDとして「まずは使ってみる」方法をお薦めします。)

  • 起動後にインストール機能により、HDD等に直接インストールできる上、使用するユーザー名等を選択することができます。
  • VMWare Playerや、VirtualBox等の仮想環境で起動して、仮想環境を作成することも簡単です。
  • VirtualBoxにインストールする方法は、書籍「OpenFOAMによる熱移動と流れの数値解析」の付録AにDEXCS2015について詳しく記されていますが、基本は同じです。また、DEXCS2011までは、”Guest Additions”が入っておりませんでしたが、DEXCS2016では導入済みなので、共有ファイルの設定など(インストール方法メモの25〜27ページ)も同様に実施可能です。
  • 国際化対応のレベルはDEXCS2015に同じ(英語版のみに対応)ですが、日本語⇆英語のベース環境切り替え方法が、DEXCS2015に比べやや煩雑になっています。(インストール方法メモの9〜15ページ)
  • 一部動作に不具合が確認されています(インストール方法メモの21ページ)。解決方法が見出だせませんでした。お判りの方、またこれ以外の不具合に気づかれた方はご連絡下さい。

同梱プログラム

その他のドキュメントについて

    • DEXCSランチャーのヘルプメニューを参照下さい。
      • 本当に初めて使う人は、「ランチャーの使い方」-「まずは使ってみる」(本記事、冒頭の約10分間アニメーション)をご覧下さい。
      • 「ランチャーの使い方」-「形状作成」にて、FreeCADの使い方を概略説明しています。
      • 「ランチャーの使い方」-「メッシュ」にて、FreeCADマクロで起動される表形式のGUIの使い方と、cfMesh作成に必要なパラメタの概要を説明しています。
      • 「ランチャーの使い方」-「計算実行」「結果処理」を理解できるようになると、OpenFOAMの基本的なファイル構造を理解できたことにもなります。
      • 以上は動画チュートリアルになっていますが、「フラッシュプレーヤー」を変更して参照することを強くお勧めします。変更方法は、最下段の「フラッシュプレーヤーの変更方法」をご覧ください。
    • Blender⇒SwiftツールをDEXCSランチャーから使用することはなくなりましたが、ツールそのものは使用可能で、メッシュ作成用のテンプレートフォルダもBlenderモデルと併せて同梱してあります(/opt/DEXCS/template/swift_dexcsMesh)。
    • Swiftツール使用法の詳細を知りたい方はDEXCS2013のリリースノートをご覧ください。
    • SLURMというリソースマネージャもインストールしてあり、サブミット用のサンプルスクリプトを含んだケースファイルも同梱してあります(/opt/DEXCS/template/slurm_damBreak)。コア数が4つのマシンであれば、以下のコマンドを、そのまま利用可能(のはず)です。
      • $ sbatch submit.sh  (ジョブサブミット)
      • $ squeue  (ジョブ確認)
      • $ scancel [jobID] (ジョブ停止)
      • コア数が4でないなどの環境で、バッチジョブがペンディング状態のまま実行出来ない場合は、デスクトップ上、DEXCS/launcherOpen/doc/slurm.pdf を参考に設定ファイル(slurm.conf)を変更して使用して下さい。 (設定方法はこちら
      • ジョブサブミット、ジョブ確認は、TreeFoamの十徳ナイフからも起動できます.
      • 上記を含めて、TreeFoamから起動する十徳ナイフのメニューに変更はありません。
    • JAVA gnuplot GUI の使用方法
    • TreeFoamの基本的な使い方はTreeFoamのヘルプメニューから、「使い方」を参照して下さい。
    • TreeFoamに関する情報は、DEXCS公式HPの AboutTreeFoamの記事にまとめてあります。
    • DEXCS2017に搭載のTreeFOAMは、+dexcsSwakとして、上記公式ページに掲載ヴァージョンに対して独自のカスタマイズが加えてあります。%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_612
    • また、これに関連し、一部の機能が無効になっています。%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_613

 

DEXCS2016 for OpenFOAM(R) リリースノート

ダウンロードはこちら

(2016/10/12公開)

不具合・更新情報はこちら



DEXCS for OpenFOAM(R) は、OpenFOAMと、これをより簡単・高度に活用できるようにする為の様々なツールをすべてインストール済のオール・イン・ワンパッケージで、誰でも(と言ってもCAEに無縁の人は対象外ですが・・・)簡単・即使えるようにしたマシンイメージ(isoファイル)です。

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詳しくはこちら

DEXCSランチャーのヘルプメニューからも参照できます

DEXCS2016では、

  • ベースOSはLinux Mint 18 Xfce (LTS)
    • Mint 18 も Cinnamon⇒MATE⇒Xfce と試行の結果、これ(Xfce)が最も相性良さそうでした。
  • OpenFOAMやその他の組み込みツールのヴァージョンアップに対応
    • OpenFOAM-4.x-be7fba6cff9b
    • cfMesh v1.1.1
  • DEXCS2011から搭載するようになった中級者向けツール(TreeFoam)の機能強化を図りました。
    • FOCUSスパコンでの作業もチャチャッと出来るようになりました。但し、個別のユーザー毎のカスタマイズは必要で、設定方法はこちらを参照下さい。
  • FreeCADマクロ(cfMesh用簡単設定ツール)を、より使い易くしました。
  • DEXCS2015では搭載を見送ったHelyx-OSですが、Helyx-OSも進化して使いやすくなったので復活させました。但し、Helyx-OSそのものがOpenFOAM-4.xに未対応のため、ソルバー起動は出来ません。DEXCSではsnappyHexMeshを作成する際のGUIツールとしての活用を推奨しています。

なお、DEXCS2012までは、32/64bit版がありましたが、DEXCS2013からは、64bit版のみです。

 

インストールと利用法

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詳しくはこちら


マシンイメージなので、DVDにイメージ書き込みすれば、DVDから起動してそのまま利用することができます。 (DEXCS初体験の人はこのライブDVDとして「まずは使ってみる」方法をお薦めします。)

  • 起動後にインストール機能により、HDD等に直接インストールできる上、使用するユーザー名等を選択することができます。
  • VMWare Playerや、VirtualBox等の仮想環境で起動して、仮想環境を作成することも簡単です。
  • VirtualBoxにインストールする方法は、書籍「OpenFOAMによる熱移動と流れの数値解析」の付録AにDEXCS2015について詳しく記されていますが、基本は同じです。また、DEXCS2011までは、”Guest Additions”が入っておりませんでしたが、DEXCS2016では導入済みなので、共有ファイルの設定なども同様に実施可能です。
  • 国際化対応のレベルはDEXCS2015に同じ(英語版のみに対応)ですが、日本語⇆英語のベース環境切り替え方法が、DEXCS2015に比べやや煩雑になっています。(インストール方法メモの9〜15ページ)
  • 一部動作に不具合が確認されています(インストール方法メモの21ページ)。解決方法が見出だせませんでした。お判りの方、またこれ以外の不具合に気づかれた方はご連絡下さい。

同梱プログラム

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_567

その他のドキュメントについて

    • DEXCSランチャーのヘルプメニューを参照下さい。
      • 本当に初めて使う人は、「ランチャーの使い方」-「まずは使ってみる」をご覧下さい。
      • 「ランチャーの使い方」-「形状作成」にて、FreeCADの使い方を概略説明しています。
      • 「ランチャーの使い方」-「メッシュ」にて、FreeCADマクロで起動される表形式のGUIの使い方と、cfMesh作成に必要なパラメタの概要を説明しています。
      • 「ランチャーの使い方」-「計算実行」「結果処理」を理解できるようになると、OpenFOAMの基本的なファイル構造を理解できたことにもなります。
      • 以上は動画チュートリアルになっていますが、「フラッシュプレーヤー」を変更して参照することを強くお勧めします。変更方法は、最下段の「フラッシュプレーヤーの変更方法」をご覧ください。
    • Blender⇒SwiftツールをDEXCSランチャーから使用することはなくなりましたが、ツールそのものは使用可能で、メッシュ作成用のテンプレートフォルダもBlenderモデルと併せて同梱してあります(デスクトップ上:DEXCS/template/swift_dexcsMesh)。
    • Swiftツール使用法の詳細を知りたい方はDEXCS2013のリリースノートをご覧ください。
    • SLURMというリソースマネージャもインストールしてあり、サブミット用のサンプルスクリプトを含んだケースファイルも同梱してあります(デスクトップ上:DEXCS/template/slurm_damBreak)。コア数が4つのマシンであれば、以下のコマンドを、そのまま利用可能(のはず)です。
      • $ sbatch submit.sh  (ジョブサブミット)
      • $ squeue  (ジョブ確認)
      • $ scancel [jobID] (ジョブ停止)
    • コア数が4でないなどの環境で、バッチジョブがペンディング状態のまま実行出来ない場合は、デスクトップ上、DEXCS/launcherOpen/doc/slurm.pdf を参考に設定ファイル(slurm.conf)を変更して使用して下さい。
    • ジョブサブミット、ジョブ確認は、TreeFoamの十徳ナイフからも起動できます.
    • 上記を含めて、TreeFoamから起動する十徳ナイフのメニューに変更はありません。
    • JAVA gnuplot GUI の使用方法
    • TreeFoamの基本的な使い方はTreeFoamのヘルプメニューから、「使い方」を参照して下さい。(但し、DEXCS2015では最新版に対応した内容になっていましたが、リモートサーバー関連の最新情報までは反映されておりません。)
    • TreeFoamに関する情報は、DEXCS公式HPの AboutTreeFoamの記事にまとめてあります。
    • DEXCS2016に搭載のTreeFOAMは、+dexcsSwakとして、上記公式ページに掲載ヴァージョンに対して独自のカスタマイズが加えてあります。%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_612
    • また、これに関連し、一部の機能が無効になっています。%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_613

 

FOCUS by DEXCS その2

その1の記事を書いてから2年近く経ってしまいましたが、ようやくDEXCSらしい使い方が出来るようになりました。


%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_388

  1. マウント用の空フォルダ(focusServer)を選択(空フォルダであれば名前は何でも良い)
  2. 右クリック⇒ポップアップメニューの「sshfsサーバマウント」を選択
  3. マウントが完了すると、空フォルダに▼マークがつくのでこれをクリック⇒FOCUS上のファイル構造がツリー展開される(赤枠部分)
  4. 解析したいフォルダ(work/test)を選択し、解析ケースに設定。
  5. ポップアップメニューの「loginシェル起動」を選択すると、以下のターミナルが現れる。

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_370

所定のフォルダ(work/test)で所定(上の場合は2.4.x)のOpenFOAMコマンドを直ちに実行できるようになります。

バッチで実行中のジョブに対して、plotWatcherを起動して、下図のように計算の収束状況を確認する事もできます。

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_371

 

とはいうもの、FOCUSへの接続は、個別のカスタマイズが必要であり、その部分はユーザーが自身で設定していただくしかありません。また、ここを間違えると、やり直しもうまくいかないなどあったりするので、以下備忘録です。

 



 

必要な環境

準備するもの

  • 鍵交換方式を用いたSSH接続用の秘密鍵

設定(ローカルマシン)

  • ホームディレクトリ直下の.TreeFoamUser/data/sshfs_data の朱字部分を編集(TreeFoamを一度でも実行すればこのファイルが存在するはず)

    #
    # sshfsによるサーバマウント
    # ———————–
    # FOCUSの例
    #

    HostName ssh.j-focus.jp
    User ****0001

    #マウントするホスト側のdir
    # #/home1/<グループ名>/<ユーザ名>
    HostDir /home1/****/****0001

    #local側のマウントする場所
    #(TreeFoam側で設定する)
    MountPoint
    #
    # sshによるサーバlogin
    # ——————-
    # FOCUSの例
    #

    #サーバlogin
    login
    ssh ff01Focus #logon先(~/.ssh/configで定義)

    #login後の環境設定
    # サーバ側に「setEnviron」ファイルを作成する。
    setEnviron
    . ~/OF230terminal     #OpenFOAMの環境設定
    cd ~                                #currentDirectoryを設定(TreeFoamが書き換える)

    青字部分は、FOCUSへログイン出来るようになったら、各自の必要な環境に応じて書き換える。(通常は指定したファイルOF230tweminalは存在せず、何も組み込まれない)

  • ホームディレクトリ直下の.ssh フォルダを作成し、用意した秘密鍵(id_rsa)を収納。以下のconfigファイルも収納しておく。

Host FocusLogin
User ****0001
Hostname ssh.j-focus.jp
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
ServerAliveInterval 60

Host ff01Focus
HostName ff
User ****0001
ProxyCommand ssh FocusLogin -W %h:%p
ServerAliveInterval 60

  • 上記ファイルのパーミッションに注意。必要に応じて変更(下図参照)。

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_372

  • keyringに秘密鍵パスワードを登録する為、seahorseを起動する(以下はDEXCS2015 linux mint17のGUI操作イメージ)


%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_373


%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_374

+ボタンを押すと、以下のメニューが現れる

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_375

Secure Shell Key を選択

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_376

名前は何でも良い

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_377

ここで入力するパスワードは何でも良いが、もう一度聞かれるので間違いなく入力すること。またちゃんと記憶しておくこと。

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_378

FOCUSのサーバーアドレスとログイン名を入力

%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_379

ここで入力するパスワードは秘密鍵を作成する際に使用したパスワード

 

  • とりあえず、コマンドラインにて、FOCUSへログイン出来る事を確認。

custom@custom ~ $ ssh ff01Focus

と入力してみる

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上記ダイヤログが現れるので、ここで最初に入力したパスワードを入力すれば・・・

The authenticity of host ‘ff (<no hostip for proxy command>)’ can’t be established.
RSA key fingerprint is 6c:09:02:57:8f:4b:03:17:00:0a:dd:9f:39:d4:33:45.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added ‘ff’ (RSA) to the list of known hosts.
Last login: Tue Sep 20 17:22:57 2016 from ***.***.4.11
[****0001@ff01 ~]$exit
logout
Connection to ff closed.
custom@custom ~ $

となってFOCUSのフロントエンドサーバーに、「秘密鍵のパスワードを入力しないで」接続できた! ということです。

  • これにて本記事冒頭のTreeFoamでFOCUSサーバーをマウント/アンマウント出来るようになる。但しログインシェル起動は、このままでは単にFOCUSのフロントエンドサーバーに接続できるというだけで、冒頭のような使い勝手を実現するには、以下のFOCUSサイドでの環境設定が必要。

 

設定(FOCUS)

  • TreeFoam上で、FOCUSサーバーのマウントポイント(focusServer)をダブルクリックすると、ファイルマネージャが立ち上がり、以下のように表示される。但しフォルダーの名前はあくまで筆者の環境であり、ユーザー毎に異なっているのは当然ですが、setEnviron という見慣れないファイルが存在しているはずです。
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  • このsetEnvironをダブルクリックしてテキストエディタで調べると、

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となっており、これは設定(ローカルマシン)の最初に説明した.TreeFoamUser/data/sshfs_data の最下2行で定義された内容(最下行はログインシェルが起動されたフォルダ名に変更されている)になっており、TreeFoamが作成したものです。

  • ここでたとえば、以下のような内容

#!/bin/bash
# OpenFOAM terminal
#

module load gnu/openmpi165
unset FOAM_INST_DIR
source /home1/share/openfoam/2.3.0/gnu/openmpi/OpenFOAM-2.3.0/etc/bashrc

. $WM_PROJECT_DIR/bin/tools/RunFunctions

echo “set OpenFOAM-2.3.0 environment.”

OF230terminalというファイルを作成し、ホームフォルダ直下に収納しておけば、OpenFOAMの2.3.0の環境が組み込まれることになる。OpenFOAMの用途(ヴァージョン)に応じて、この内容を書き換えるなり、別のファイルを使いたい場合は、.TreeFoamUser/data/sshfs_data の下から2行目を変更する、

  • 但し、このsetEnviron ファイルが自動作成出来たとしても、このままではこの環境は組み込まれない。組み込む為にはもう一工夫必要で、たとえば。.bash_profile ファイル中の最下行に、以下のように記述しておくのが一案です。

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  • これにて、TreeFoam上のwork/testにて右クリック⇒ポップアップメニューからログインシェルを起動すれば、以下のような端末が現れるようになる。

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プラスアルファ

以上で基本的な設定は完了ですが、このままだとFOCUS上のファイル構造をツリー展開するのに、結構な待ち時間が生じてしまってイライラさせられます。実はこれに対する対策もすでに実現済みですが、TreeFoam本体の改良が必要で、その更新正式版が出来たら・・・ということで。

最後に

本記事の冒頭あたりに記したように、手順を間違えたりすると、keyringがうまく動いてくれない事がよくあって手こずりました。その際に参考になるかもしれない情報を以下に掲載しておきます。

  • keyringがうまく動かない場合、TreeFoamを起動した際の小さな端末上で、秘密鍵のパスワード入力待ち状態だったりします。%e7%af%84%e5%9b%b2%e3%82%92%e9%81%b8%e6%8a%9e_393

この場合は、その端末上でパスワードを入力してやれば、とりあえずマウントしたりすることは出来るようになります。

  • 上記方法にて、FOCUSへログイン出来ておれば、seahorseの設定を再度やり直してうまく動くようになる場合もありました。ローカルマシンの.sshフォルダは以下のようなファイル構成になっているはずですが、known_hosts を削除してやり直すとうまく動くようになる場合もありました。

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  • 近日公開予定のDEXCS2016(Linux mint 18)では、seahorseの起動メニューが異なる

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ばかりでなく、デフォルトでkeyring そのものを自動起動させる一手間も必要でした(DEXCS2016では組み込み済です)。

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