DEXCS2017 for OpenFOAM(R) では、これまでのFOCUSだけでなく名大スパコン、その他のリモートサーバーへのアクセスが可能になりました。
但し、サーバー名やログイン情報などはユーザーさん自身でカスタマイズしてもらう必要があるので、以下にその方法を記しておきます（備忘録）。
準備は少々面倒ですが、これでリモートサーバーでの計算がかなり楽ちんになること請け合いです。
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DEXCS for OpenFOAM(R) では、SLURMというリソースマネージャについて、DEXCS2013での試用記事を足掛かりにDEXCS2014より、この記事に記したのと同様の方法で搭載してきましたが、DEXCS2017からはインストール方法を変更し、それに伴い使用前の設定が必要になったので、ここに記しておきます。
もっともシンプルに動作確認するには、コマンド端末にて、
srun -l sleep 60 &
（60秒間何もしないで待つの意味）
と打ち込んでジョブを投入、
squeue
にてジョブの状況を確認できます。
しかし、残念ながら上のような結果が返ってくることがあります。
以下の2行を打ち込めばOKのはず
sudo systemctl restart slurmctld.service
sudo scontrol update NodeName=localhost State=Resume
入力が終わると、ペンディング状態だった先のジョブがR（Running）となり、しばらくしてから再度確認すれば終了している。
6つのジョブを続けて投入すると。。。
直後では、最初に投入した4つのジョブ（JOBID:4-7）が実行中、残りの２つ（JOBID:8,9）がペンディングとなります。つまり、デフォルトの設定では、４コアのマシンを想定しているということ。
上記変更での実施例
となれば、メデタシメデタシ・・・となるのですが、マルチCPUマシンの場合など、一筋縄でいかない場合もあります。
そもそもこのデフォルト設定パラメタは、とりあえず動けば良いというレベルで作成したもので、ちゃんと考えて作成したものではありません。
SLURMのインストールがそもそもパッケージマネージャからだと、従来の設定方法のようにはやれなくなって、参考サイトの情報を頼りに見真似で作成したものです。詳細を知りたい人は、そちらをご覧ください。
公開して間もないのですが、早くも不具合情報がいくつか寄せられており、本ページにて対処方法など取り纏めておきます。ここに見当たらない不具合情報があったら、遠慮なくお問い合わせ下さい。本記事に対するコメントで頂けると、記事を書く手間も省けるので、ご協力のほどお願いします。
最終更新は、2017/10/22
Synapticパッケージマネージャ
又は、
sudo apt-get install netgen
にて、netgenをインストールして下さい
DEXCSダウンロードサイトより最新版（MD5：b5f7b90a410b6e018929fffc1d66c30e）を入手して下さい。
（参考）旧版（MD5：a8d51b7b845908790bc3af82c94dd7a9）
md5sum DEXCS2017OFv1706.iso
certutil -hashfile DEXCS2017OFv1706.iso -md5
以下、構築したマシンのipアドレスが172.16.144.147、ユーザー名dexcsでアクセスする例
クライアントのマシンから、
$ ssh -l dexcs 172.16.144.147
Connection reset by 172.16.144.147 port 22
となってしまい、接続できない。こういう場合、-vv オプションを付けると、デバッグモードになるらしい。
$ ssh -l dexcs 172.16.144.147 -vv
OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2, OpenSSL 1.0.2g 1 Mar 2016
debug1: Reading configuration data /home/et/.ssh/config
debug1: Reading configuration data /etc/ssh/ssh_config
debug1: /etc/ssh/ssh_config line 19: Applying options for *
debug2: resolving “172.16.144.147” port 22
debug2: ssh_connect_direct: needpriv 0
debug1: Connecting to 172.16.144.147 [172.16.144.147] port 22.
debug1: Connection established.
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_rsa type 1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_rsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_dsa type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_dsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ecdsa type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ecdsa-cert type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ed25519 type -1
debug1: key_load_public: No such file or directory
debug1: identity file /home/et/.ssh/id_ed25519-cert type -1
debug1: Enabling compatibility mode for protocol 2.0
debug1: Local version string SSH-2.0-OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2
debug1: Remote protocol version 2.0, remote software version OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2
debug1: match: OpenSSH_7.2p2 Ubuntu-4ubuntu2.2 pat OpenSSH* compat 0x04000000
debug2: fd 3 setting O_NONBLOCK
debug1: Authenticating to 172.16.144.147:22 as ‘dexcs’
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT sent
Connection reset by 172.16.144.147 port 22
通常は。
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT sent
の後に
debug1: SSH2_MSG_KEXINIT received
となるはずだが、これが帰って来ないということのようだ。これでググルと、
https://stackoverflow.com/questions/2419412/ssh-connection-stop-at-debug1-ssh2-msg-kexinit-sent
の記事にたどりつく。
構築したマシンにて、
dpkg-reconfigure openssh-server
をやりなさい、ということのようです。
$ sudo dpkg-reconfigure openssh-server
Creating SSH2 RSA key; this may take some time …
2048 SHA256:9ngrCIuicrYqhLnNqB2CIErWGpIcVGte9COHfjGi/94 root@dexcs2017Test-virtual-machine (RSA)
Creating SSH2 DSA key; this may take some time …
1024 SHA256:+bA0gbMH+52mBRoeBjiC+iK2iTZZzX2jR3dU1peJ9zc root@dexcs2017Test-virtual-machine (DSA)
Creating SSH2 ECDSA key; this may take some time …
256 SHA256:j70HhP/khIf7tb++fA62y82BZcKuFwteBG9JXBFva/U root@dexcs2017Test-virtual-machine (ECDSA)
Creating SSH2 ED25519 key; this may take some time …
256 SHA256:tHMi8LUQ9skVE+dQm58YS5c5a3jUBq0nTH75u2lVtsg root@dexcs2017Test-virtual-machine (ED25519)
これで、再度クライアントから、
$ ssh -l dexcs 172.16.144.147
The authenticity of host ‘172.16.144.147 (172.16.144.147)’ can’t be established.
ECDSA key fingerprint is SHA256:j70HhP/khIf7tb++fA62y82BZcKuFwteBG9JXBFva/U.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? yes
Warning: Permanently added ‘172.16.144.147’ (ECDSA) to the list of known hosts.
Received disconnect from 172.16.144.147 port 22:2: Too many authentication failures
Connection to 172.16.144.147 closed by remote host.
Connection to 172.16.144.147 closed.
ということで、少し前進。このメッセージはお馴染みのもので、てっとり早くやるには、.ssh/configna中に以下のように記述してやれば良い。
Host vmTemp
HostName 172.16.144.147
User dexcs
IdentitiesOnly yes
これにて、
$ ssh -l dexcs vmTemp
dexcs@172.16.144.147’s password:
Welcome to Linux Mint 18 Sarah (GNU/Linux 4.4.0-21-generic x86_64)* Documentation: https://www.linuxmint.com
となって、めでたしめでたし・・・
DEXCSランチャーにて解析フォルダを新規作成または既存フォルダを選択した後に現れる下図のダイヤログ画面で、
「No」ボタンを押してもダイヤログ画面が消えるだけで何の変化もない（TreeFoam」が起動しない場合には、DEXCSランチャーが起動した時に同時に開いた「端末」画面において、以下のエラーメッセージ有無を確認下さい（朱字部分は使用しているユーザー名）。
Traceback (most recent call last):
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 670, in eventMenu102
self.selectPlatform()
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 497, in selectPlatform
self.configTreeFoam(self.workDir)
File “/opt/DEXCS/launcherOpen/dexcs.py”, line 1587, in configTreeFoam
f = open(configTreeFoamFile)
IOError: [Errno 2] No such file or directory: ‘/home/custom/.TreeFoamUser/configTreeFoam’
.TreeFoamUser/configTreeFoamが存在しないという事で、これはTreeFoamが一度も起動された事がない場合にそうなります。この場合は、一度TreeFoamを起動して、そのまま終了させて下さい。
⇒再度、先に指定したフォルダを解析フォルダに設定し直してSelectPlatform⇒「No]を選択すれば、DEXCSランチャー画面は消えて、選択したフォルダを解析フォルダとして設定した状態のTreeFoamが起動します。
リリースノートに記してありますが、
OSアップデートはしておりません。後述のWinkチュートリアルがFireFoxでの表示に不具合が生じる為。
FireFoxを除いてアップデートすると問題なく動くことは確認出来ています。
但しアップデートの途中で、 ’/etc/compizconfig/config’ と ’/etc/gnome/defaults.list’ について置換するかどうかのダイヤログが出てきますが、ここはいずれも「保持」としています。置換するとどうなるかは未確認。
リモートサーバをマウントする方法について記したやり方で、自動ログインは出来るけど応答に時間がかかりすぎる。長い短いは主観の問題もあるが具体的には1分以上かかってしまう場合があり、これではちょっと使えない。どうも環境依存があるようで、これまでに判った事を記しておきます。
FOCUSでは、ログインサーバーを経由してフロントエンドサーバーにログインする必要があり、その際下記のような多段アクセスする方法を用いているんだが、これを使うと応答が長くなる場合があるということ。
ProxyCommand ssh FocusLogin -W %h:%p
名大スパコンや秘密鍵を使わない通常のパスワード認証では問題ないはず。
今のところ、不具合の起きる環境は、
VirttualBoxでは問題なし。Linux上のVmplayerでも問題なしです。Windows8以前は未確認。
ダウンロードはこちら（2017/10/6よりOK）
DEXCS for OpenFOAM(R) は、OpenFOAMと、これをより簡単・高度に活用できるようにする為の様々なツールをすべてインストール済のオール・イン・ワンパッケージで、誰でも（と言ってもCAEに無縁の人は対象外ですが・・・）簡単・即使えるようにしたマシンイメージ（isoファイル）です。
詳しくはこちら
DEXCSランチャーのヘルプメニューからも参照できます
OSアップデートを普通に実施すると、Winkチュートリアルを参照できなくなります。多分、FireFoxのアップデートを除外すれば大丈夫だとは思いますが確認していません。なお、Winkチュートリアルを参照できなくなった場合にも、Web版では参照可能です。
セキュリティの観点から、OSアップデートはした方が良いと思いますが、上記を読んで自己責任で実施して下さい。
（但し、cfMeshはOpenFOAM-4.ｘ上で動作します。リリース時点で、cfMeshをOpenFOAM-ｖ1706上でコンパイル出来なかった為）
詳しくはこちら（日本語と英語の切り替え方法も含む）
マシンイメージなので、DVDにイメージ書き込みすれば、DVDから起動してそのまま利用することができます。 （DEXCS初体験の人はこのライブDVDとして「まずは使ってみる」方法をお薦めします。）
昨日（7/15）のオープンCAE勉強会＠関西にて発表した資料です。総枚数130という大作ですが、結論としては、、、
Interface / copy_file
にディレクトリ識別子（/）が存在すると、プロジェクトの再ロードが出来なかったり、他項目のGUI編集が出来なくなる（Linux / Windows版共通）。
ということで、次期DEXCS2017に搭載するかどうかの判断は微妙な状況です。
なお、本資料中で使用しているdakota-openfoam連携計算サンプルファイルを右のダウンロードコーナー（Latest Downloads）よりDL出来るようにしておきましたので、興味のある方は自身で体験していただき、上記判断に対するコメントなり、現時点で見つかっている上記問題点に対する改善策なり、新たな問題発見なりをレポートしていただければありがたいです。
また、インストールが面倒、、、でも試してみたいという方には。インストール済のDEXCS特別版も配布しますので、申し付けください。
